箱館奉行所は、日本の北辺防備の拠点として設置された江戸幕府の役所です。当初は箱館山の麓に置かれましたが、内陸の地に移転が計画され、その外構となる五稜郭と共に元治元（1864）年に完成しました。
明治元（1868）年、戊辰戦争最後の戦いとなる箱館戦争の舞台となり、旧幕府脱走軍降伏2年後の明治4（1871）年に解体されました。

存在した期間はわずか7年。
以来、五稜郭は郭内にあるべき奉行所が失われた状態でしたが、平成22（2010）年、建築当時の材料・工法を可能な限り駆使し、庁舎の1/3の範囲を忠実に復元。

幕末から明治維新にかけての、ピンと張りつめた時代の空気が感じられる歴史的空間として甦りました。